L’une des questions les plus importantes qui font partie de la problématique corps-esprit est celle de la façon dont l’esprit dirige le corps. Cette question se pose en général dans le cas des animaux conscients. Le concept de conscience fonctionnelle permet d’expliquer plusieurs aspects du mécanisme. La conscience de l’animal est informée par les différentes voies sensorielles propres à son espèce et il n’est pas très malaisé d’en conclure que les fonctions mentales de l’animal lui permettent de diriger son corps de façon à satisfaire ses besoins. Dans le cas de l’humain, il existe une différence des plus importantes. On admet en outre le rôle utile du langage, qui permet à l’individu de s’informer, de se former et de réfléchir afin d’être en mesure d’agir de la façon la plus appropriée dans une situation donnée.  

            Qu’est-ce qui, de ce schème explicatif, demeure valide lorsqu’on en fait la critique d’après les concepts de potentiel réel et d’effectivité ? Afin de répondre à cette question, il est utile de rappeler certains commentaires qui ont été faits plus haut sur le rôle du génome dans le développement d’un embryon. À strictement parler, il n’y a rien de tel qu’une information génétique qui agit sur la matière. Le génotype, en tant que composé moléculaire, ne détermine fondamentalement rien dans le développement embryonnaire. Il ne peut que se conformer lui-même, comme tout autre objet matériel, aux lois et principes de bases. Si on a pu considérer que le génotype détermine au moins en partie le développement de l’embryon, cela s’explique par l’exigence de cohérence, combinée au fait qu’il fait partie des conditions initiales directionnelles de cet embryon. Il existe donc bien une sorte de causalité génétique indirecte et dérivée des lois et principes de base (voir la section 1.3.2:Un modèle numérique pour mieux comprendre la « causalité génétique », dans 1.3 Le modèle embryonnaire).  

Cette explication en termes d’exigence de cohérence et de conditions initiales directionnelles s’applique aussi bien, à un autre niveau, à la façon dont il est possible de dire que l’esprit dirige la matière, bien qu’il le fasse de façon détournée. Ce type d’action est formellement similaire à celle du génotype à la différence près que le type d’information qui s’y trouve comprise est susceptible de signifier de façon humaine. Ce qu’exprime le langage humain est évidemment très différent de ce qu’exprime le code génétique.  

Prenons le cas d’un humain qui réfléchit à l’action dans laquelle il devrait s’engager afin d’atteindre un certain but. Supposons que la situation dans laquelle il se trouve est normale et qu’il est en mesure de décider de son action de façon appropriée. Au terme de sa réflexion, il aura inscrit quelque part dans son cerveau ce qui constitue son but ou ses motifs et les moyens qu’il envisage de prendre. Ensuite, il s’engagera dans une action précise, conformément à ce qu’il aura décidé. L’ensemble de cette situation constitue un tout cohérent, y compris si on l’envisage de façon entièrement matérielle. Les mots du langage dont cet homme se sert pour se déterminer sont inscrits d’une façon ou d’une autre dans son cerveau ; peut-être aussi les a-t-il notés en les rédigeant dans un journal personnel. Ces mots ou ces phrases jouent un rôle formellement analogue, dans le processus qui conduira au but recherché, à celui du génome dans le cas du développement embryonnaire. Ils contribuent à la cohérence de l’ensemble du système et ils font partie des conditions initiales directionnelles du processus. 

            L’action détournée de l’esprit sur le corps n’équivaut pas à un contrôle ni à une maîtrise absolue, mais plutôt à une certaine capacité partielle et approximative de diriger ses actions. Des erreurs, des imprévus ou des accidents peuvent toujours se produire. Les résultats peuvent donc être décevants, voire désastreux, ou, à l’inverse, stimulants, voire géniaux. De même, le génome ne contrôle ni ne domine le développement, qui dépend de bien d’autres facteurs, incluant des mutations régressives ou évolutives.

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