Ce ne sont pas seulement les gènes, les individus ou les espèces qui s’adaptent, mais les lignées elles-mêmes. Plus que le gène elles se comportent comme si elles étaient « égoïstes », utilisant les espèces et l’environnement terrestre pour leur continuation dans le temps. Les lignées utilisent les gènes des individus et des espèces qui en font partie. Elles leur imposent des mutations pour se poursuivre en tant que lignées. Elles exploitent les ressources ou les stimulations de l’environnement et souvent, même, elles relèvent les défis qui en émanent. Les lignées se maintiennent en se transformant grâce à l’évolution des espèces qui en font partie. Il s’agit d’une véritable adaptation de lignées à l’évolution de l’environnement qui inclut chacune des lignées d’un développement conjoint. 

          Dans le cas des oiseaux et, en particulier, des lignées qui ont engendré l’espèce coucou et les espèces que le coucou exploite, le schéma d’ensemble est tout à fait le même que dans le cas des carnivores et des herbivores. Deux ou plusieurs lignées sont en étroite association. Les modifications d’une lignée exploiteuse en provoquent d’autres dans les lignées exploitées, et vice versa. 

          Voici quelques illustrations de la coévolution phylétique. Les gènes qui ont donné lieu à l’émergence de la chlorophylle — il y a au moins deux milliards d’années — ont contribué à former l’atmosphère d’oxygène et, ce faisant, ils auront permis à d’autres gènes d’évoluer vers des formes pour lesquelles respirer l’oxygène était nécessaire. En ce sens, ces gènes ont provoqué l’évolution d’autres gènes. D’importants processus d’évolution par procuration se sont déroulés, c’est-à-dire que des formes de vie X ont pu évoluer du fait que d’autres formes de vie W, qui ont existé avant X et, dans certains cas, longtemps avant X avaient agi de façon à transformer l’environnement. Ainsi, par exemple, plusieurs plantes telles que les orchidées, n’ont pu évoluer que grâce à la présence d’insectes fécondants. Des lignées de plantes à fleurs ont évolué conjointement avec des lignées d’insectes, entretenant ainsi l’évolution de part et d’autre ou, mieux, participant à un processus d’évolution globale.  

         La coévolution phylétique est un processus qui peut s’échelonner sur des centaines de millions d’années. De ce fait, on peut constater que l’évolution d’une forme de vie à un certain moment dépend, indirectement mais très étroitement, de l’évolution antérieure de plusieurs autres formes de vie, souvent très peu apparentées du point de vue génétique.  

          Un autre cas — profondément différent — de coévolution est celui des gènes de la lignée de l’Homo sapiens qui ont fait évoluer un grand nombre d’espèces de plantes cultivées ou d’animaux domestiques, dont les formes transitoires correspondent à autant de groupes de gènes évolutifs. 

          Notre approche globale permet d’identifier plusieurs niveaux d’efficacité en ce qui concerne la sauvegarde et la transmission des gènes. Les mécanismes généraux sont suffisamment efficaces pour la survie individuelle, pour la reproduction spécifique, pour la continuation des lignées et, aussi, pour l’ensemble global des lignées.  

         L’évolution conjointe des lignées évolutives peut s’expliquer partiellement par une sorte de sélection naturelle conjointe, c’est-à-dire une sélection qui favorise plusieurs lignées par leurs interactions et par un processus d’ensemble qui modifie les milieux. D’ailleurs, l’existence de certaines lignées présuppose l’existence d’une lignée antérieure d’autres formes de vie, combinée à la sélection naturelle. Ainsi les primates ont évolué grâce, entre autres, aux milieux constitués notamment par les grands arbres forestiers qui leur ont servi d’habitat. Dans ce cas, le rapport entre les lignées végétales et animales est indirect, les grands arbres s’étant développés bien avant les singes1. Comme dans le cas précédent, il faut parler d’une corrélation globale, incluant l’évolution des environnements naturels eux-mêmes, y compris même l’environnement constitué par le système solaire, etc. La sélection naturelle conjointe ne se réduit pas à une simple logique de l’essai et de l’erreur. Elle suppose toute une structure complexe de potentialités liées les unes aux autres en un tout.

1 Richard Dawkins fait remarquer à ce propos que les arbres de la forêt croissent en hauteur en rivalisant ainsi entre eux pour l’éclairage solaire, mais, s’ils étaient constitués différemment, une « fonction d’utilité « sensée » veillerait au contraire à ce qu’ils soient tous plus petits » ; ils recevraient la même lumière tout en faisant des économies pour les troncs (R. Dawkins, Qu’est-ce que l’évolution ?, op. cit., p. 139). Ce commentaire montre que Dawkins s’en tient au présupposé de la seule sélection darwinienne, condition nécessaire, mais considérée comme devant être la plus suffisante des conditions possibles. C’est cela ou rien. Si au contraire on fait intervenir l’hypothèse Tia, on peut expliquer la taille des arbres par l’apport de diversité supplémentaire en milieux, qui aura notamment favorisé l’évolution bien particulière des primates. 1